MIŠKAI
Vilkaviškio rajono miškingumas pats mažiausias Lietuvoje ir nesiekia 8 %. Vištyčio regioniname parke miškai užima apie 50 %. Biologiniu požiūriu didžiausia regioninio parko vertybė yra brandūs plačialapių medžių miškai, ypač ąžuolynai su skroblais ir liepomis. Daugiausia ąžuolynų yra Drausgirio ir Tadarinės miškų masyvuose. Bendrijos su skroblais Lietuvoje yra ant šiaurės rytinės arealo (paplitimo) ribos ir pasižymi savita augalija bei gyvūnija. Didžiausius miškų plotus regioniname parke užima eglynai, kurie susitelkę Vištytgirio miškų masyve. Šilelio miške didžiausius plotus užima brandūs pušų ir eglių medynai. Pačiame Lenkijos pasienyje esančiame Grybingirio miške didelius plotus užima skroblynai. Grybingirio miškai unikalūs tuo, kad žmogaus ūkinė veikla čia nevykdoma jau 70 metų. Įsteigus Vištyčio regioninį parką pačiuose vertingiausiuose miškuose buvo įsteigti Grybingirio ir Drausgirio gamtiniai rezervatai ir Vištytgirio bei Tadarinės botaniniai – zoologiniai draustiniai.
AUGALIJA
Vištyčio regioninio parko augalija gerai atspindi Pietvakarių Lietuvos aukštumų fitogeografiniam rajonui būdingus bruožus. Labiausiai žolinė augmenija ištirta Drausgirio gamtiniame rezervate (408 vietinės floros rūšys, priklausančios 76 šeimoms), Tadarinės botaniniame – zoologiniame draustinyje (440 vietinės floros rūšių, priklausančių 79 šeimoms) ir Vištytgirio botaniniame – zoologiniame draustinyje (439 rūšys, priklausančios 81 šeimai).
Vištyčio regioniniame parke auga 36 rūšių augalai, įrašyti į Lietuvos raudonąją knygą. Daugiausia į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų augalų rūšių rasta Drausgirio gamtiniame rezervate (17), o Tadarinės ir Vištytgirio botaniniuose – zoologiniuose draustiniuose rasta po 12 į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų augalų rūšių.
Pačios rečiausios regioniniame parke augančios rūšys (Lietuvos raudonosios knygos 1(E) kategorija), kurioms gresia išnykimas yra europinis miežvienis (Hordelymus europaeus) ir gebenė lipikė (Hedera helix).
Drėgnose parko augavietėse gana gausios lietuviškosios orchidėjos – vyriškosios gegužraibės (LRK 2(V) kategorija), dėmėtosios gegūnės (LRK 2(V), baltijinės gegūnės (LRK 5(Rs) kategorija).
ŽINDUOLIAI
Vištyčio regioniniame parke galima sutikti daugelį Lietuvoje gyvenančių žinduolių rūšių. Iš kanopinių žvėrių gausiausios yra stirnos, šernai ir taurieji elniai, o briedžių yra gerokai mažiau. Iš plėšriųjų žinduolių gyvena vilkai, lankosi lūšys, o 2017 m. rugpjūčio mėnesį regioninį parką aplankė net rudasis lokys.
VIŠTYČIO EŽERO ŽUVYS
Dėl Vištyčio ežero biotopų įvairovės čia gyvena net 22 rūšių žuvys, priklausančios 9 šeimoms. Labai įdomu, kad čia gyvena kūjagalviai, rainės, šlyžiai, kurie labiau mėgsta švarių upių aukštupius, bet gali gyventi skaidriuose ir švariuose ežeruose, turinčiuose smėlėto ir akmenuoto dugno plotus.
Ežere gyvena net 11 karpinių žuvų rūšių: kuojos, aukšlės, raudės, auksiniai karosai, karšiai, lynai, plakiai, strepečiai.
Giliavandenė ežero dalis, kurioje ištisus metus būna žema temperatūra, tinkama šaltavandenėms žuvims: sykui, seliavai ir vėgėlei.
Viena iš vertingiausių ežero žuvų yra sykas. Ežeriniai sykai natūraliai veisiasi tik trijuose Lietuvos ežeruose: Platelių, Galadusio ir Vištyčio.
Žvejai mėgėjai Vištyčio ežere daugiausiai gaudo ešerius, kuojas ir lydekas. Vienas laimingas žvejas 1976 m. sumeškeriojo lydeką, svėrusią 20 kg. Povandeninės medžioklės entuziastams neretai pavyksta sumedžioti ungurių.